Hanyu belajar di Nanakita Elementary and Junior High School.[12] Pada tahun 2013, Hanyu lulus dari Tohoku High School kemudiannya memasuki program e-school mengenai Sains Maklumat Manusia di Universiti Waseda.[13][14][15] Dia menghadiri sekolah itu dari pangkalan latihannya di Kanada.[16] Pada Ogos 2020, telah didedahkan bahawa tesis pengijazahannya meringkaskan bagaimana teknologi tangkapan gerakan 3D boleh digunakan dalam luncur angka, dan khususnya potensinya untuk digunakan dalam penilaian skating angka.[17] Satu bidang penyelidikan yang dilakukannya ialah merakam dan menganalisis pergerakannya semasa melakukan lompatan triple Axel yang diharap dapat digunakan untuk meningkatkan kemahiran atlet dan penilaian AI.[18] Dia secara rasmi menamatkan pengajian dari universiti pada September 2020, tetapi tidak dapat menghadiri majlis itu kerana pandemik COVID-19 di Jepun.[19] Pada Mac 2021, kertas buletin yang meringkaskan tesis tamat pengajiannya telah diterbitkan di Waseda Journal of Human Sciences.[20]